Cada igreja da Lagoinha possui autonomia administrativa, jurídica e financeira para gerir receitas, despesas, investimentos e obras, sob responsabilidade de sua presidência local – no caso da Lagoinha Belvedere, exercida à época por Fabiano Zettel. A Lagoinha Global atua como convenção, oferecendo suporte ministerial, discipulado e preservação da visão espiritual, sem realizar a gestão financeira das unidades.
